Atelier Sophie 2: The Alchemist of the Mysterious Dream продолжает историю многочисленных приключений Софи и Плахты. Покинув родной город Софи Кирхен-Белл, пара обнаруживает огромное дерево, идентичное тому, которое Плахта видел во сне, и когда они приближаются, таинственный вихрь затягивает их внутрь. Софи просыпается одна в любопытном новом мире под названием Erde Wiege, и вскоре она слышит об алхимике по имени Плахта, который живет на окраине города. Поразительно, но когда Софи приходит в ателье, она встречает молодого энтузиаста алхимии по имени Плахта, и хотя у алхимика то же имя, что и у ее подруги, она не узнает Софи. Какие еще сюрпризы ждут Софи в этом путешествии? По мере продолжения приключения Софи знакомится с начинающим алхимиком Рамизелем Эрленмейером, который охотно соглашается помочь ей в трудную минуту. Повествование элегантно разворачивается в очаровательном новом визуальном стиле, который сочетает в себе искусство Таинственной подсерии с высококачественной графикой и анимацией, показанными в Atelier Ryza 2: Lost Legends и the Secret Fairy 2021 года.

В своем путешествии, чтобы найти свою пропавшую подругу, Софи придется сражаться со многими монстрами, населяющими земли Эрде Виге. Как только игроки сталкиваются с врагом на поле боя, битва начинается мгновенно, без каких–либо задержек загрузки или отдельных экранов – сначала серия, что позволяет сражениям протекать плавно. Кроме того, боевые группы теперь состоят из шести человек, трое впереди и трое сзади, образуя две команды, которые взаимодействуют в многопользовательских пошаговых сражениях. Эта новая боевая система открывает широкий спектр захватывающих боевых стратегий, которые игроки могут использовать, чтобы уничтожить своих врагов.