Naruto Shippuden: Ultimate Ninja 4 - первая игра в серии, которая переходит в сюжетную линию Shippuden. Недавно добавленный «Мастер-режим» рассказывает оригинальную историю, которая происходит во время путешествия Наруто с Джирайей и сосредоточена вокруг демона по имени Черная Тень, который требует человеческих жертв из ближайшей деревни. После того, как это разрешено, режим переходит к обычной сюжетной арке Шиппудена о Казекаге.

   «Мастер-режим» представляет собой небольшой, но открытый игровой мир, который игрок может исследовать. Наруто может собирать предметы, сражаться с врагами и разговаривать с людьми, чтобы прогрессировать. Тем не менее, настоящая борьба остается основой опыта Ultimate Ninja и была более усовершенствована и расширена в Ultimate Ninja 4. Когда два противника сталкиваются, они начинают серию высокоскоростных атак, появляющихся в виде пары вспыхивающих пятен. Уровень. Победитель определяется в игре, аналогичной игре «Камень, ножницы, бумага». Также есть добавление «Пробуждающего дзюцу», техники, которая более мощна, чем стандартное Ultimate Jutsu, и, как следует из названия, «пробуждает» скрытые силы персонажа и может использоваться только при соблюдении определенных условий.